長江口航道建設有限公司負責長江航道瀏河口至長江入海口約122公里河段的規(guī)劃、管理、建設、維護和科研工作。管理局是交通運輸部所屬正局級公益事業(yè)單位。局機關(guān)設8個職能處室和一個內(nèi)設機構(gòu)（長江口航道養(yǎng)護中心，正處級），下屬1個二級單位——上海河口海岸科學研究中心，為副局級科研事業(yè)單位。